I 1981 var han en av mange som ble arrestert som følge av drapet på president Anwar Sadat. I 1987 ble han arrestert etter et drapsforsøk på den daværende innenriksministeren. Begge gangene ble han løslatt etter noen uker, uten å ha blitt tiltalt.

Mohamed El Sharkawi har hele tiden benektet tilknytning til militante islamistiske organisasjoner, som var mistenkt for å stå bak drapsplanene.

Sommeren i 1994 ble han arrestert av pakistanske sikkerhetsstyrker, sammen med flere andre menn.

Statsadvokaten i Pakistan avgjorde i november 1994 at El Sharkawi ikke hadde utført noen kriminell handling, men skulle holdes i forvaring etter en forespørsel fra egyptiske myndigheter.

Hans advokater forsøkte å stanse utleveringen og leverte en anke. Før retten kunne ta stilling til spørsmålet, ble El Sharkawi utlevert til egyptiske myndigheter i mai 1995, hvor han ble arrestert ved ankomst.

Mohamed El Sharkawi ble sammen med fem andre menn anklaget for å planlegge drap, ulovlig oppbevaring av våpen og forfalskning av offentlige dokumenter.

Han ble aldri brakt for retten og statsadvokaten beordret i november 1996 at han skulle løslates. Innenriksdepartementet overkjørte statsadvokaten og beordret at El Sharkawi skulle holdes under administrativ varetekt.

Mohamed El Sharkawis advokater har skaffet løslatelsesordre fra retten minst 18 ganger. Hver gang dette skjedde ble han flyttet til en av avdelingene til den egyptiske sikkerhetstjenesten. Så utstedte innenriksdepartementet en fornyet ordre om administrativ varetekt mot ham og han ble fraktet tilbake til fengselet.

Myndighetene har aldri gitt noen begrunnelse for disse fornyelsene.

I følge Mohamed El Sharkawi har han blitt torturert gjentatte ganger. Han har dokumenterte alvorlige helseskader som stemmer overens med den torturen han beskriver, men myndighetene nekter ham den nødvendige behandlingen. Da fengselsledelsen ville sende ham til et sykehus til en grundig undersøkelse i 2007, ble dette stoppet av den egyptiske sikkerhetstjenesten.

Siden hans retur fra Pakistan har Mohamed El Sharkawi vært anholdt i syv forskjellige fengsler. Siden september 2008 er han fengslet i ørkenbyen Al Kharga, 575 km borte fra familien sin.